2周目加了6组隐藏BOSS，所以战斗手册只能在2周目收集齐；这6组BOSS中前5组各掉一个塞姆利亚石碎片，共5个，所以2周目可以比1周目多合成一把最强武器；第6个BOSS会掉盘古之冠（噩梦）或光晓之冠（其他3个难度），所以想二者都有至少得3周目。

在寻找被怪盗B偷走的人偶的支线里，罗伊德他们走出IBC后，会新增一段贝尔和怪盗B打电话的剧情。

其他的东西未见区别，核心回路的经验计算是和1周目不一样的。