一个叫孔东东的男孩在班里最大的敌人就是班长孔西西，孔东东搞了一个恶作剧——趁着班长孔西西不留神，在她的珍珠奶茶里撒入了胡椒粉、鸡精、酸梅粉……不料，孔西西喝下这杯特殊调制的珍珠奶茶后，竟然变成了拇指一般大的小人儿。在和拇指班长斗智斗勇的过程中，孔东东竟然开始佩服班长了。为了把班长重新变回正常的身高，孔东东抓紧时间研究解药，却不料弄巧成拙，反而把自己也变小了…

后来，孔东东又研制出了一种可以帮助人提前长大的酵母汤，每喝一口就长大一岁。有了这样的酵母汤，孔东东提前过上了“大人”的生活，他成了女孩小鸽子的临时爸爸，也成了朱校长家的保姆，还成功地潜入了一个叫“绳套帮”的犯罪团伙里当卧底。班长孔西西也没闲着，她一会把自己变成美丽的女大学生，一会又把自己变成风姿绰约的妇人。不过，这一切“长大”的背后，却隐藏着一连串的秘密……

之后，在孔东东和孔西西所在的学校里发生了一桩怪事，班主任王老师、体育老师、音乐老师、美术老师、朱校长……相继变成了拇指人。学校被迫停课了，很多同学怀疑这是孔东东和孔西西搞的鬼。谁也没有料到，就在孔东东和孔西西到校外去找救兵的时候，他们也被变小了。变小以后的孔东东和孔西西被一个穿着格子外衣的阿姨带回了学校，这位阿姨自称“班长”，在她的背后竟然还隐藏着“班主任”、“校长”以及“教育局长”……