二者区别如下：

9段线，是我国对南海区域领海的合法主张，其范围远远大于12海里，尚未得到国际认可。

12海里，是国际上对领海的习惯界定，这种习惯界定没有尊重历史事实符合法理依据，事实上，我国从秦汉时期开始，对整个南海实施了有效管辖，唐、宋始终未间断，元朝还专门设官员巡查。依据历史事实，我国有权利不接受12海里领海的习惯做法，坚持九段线的主张。