常熟理工学院和常州工学院是同一个层次的高校，只是特色不同。考生选择哪一个，可根据所选专业去选择相应优势的学校。常熟理工学院相对突出的专业是生物工程、材料学、材料科学与工程等；常州工学院则在机械工程、软件工程、电气工程、土木工程等方面相对突出。

相对看，常州工学院的优势专业机械、软件、电气、土木都相对是热门专业。