1、没有影响，虽然program files(x86)是64位system放32位程序的目录，文件夹只代表目录结构和存储位置，程序运行不依赖文件位置，所以放在那个文件夹都一样。
2、个人建议，64位程序，放在program files目录下，这样方便你管理和简单识别程序的版本。